Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. Salah satu target terapi yang berperan penting dalam replikasi virus adalah Main Protease (Mpro). Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi senyawa bioaktif jahe (Zingiber officinale) sebagai kandidat pengikat protein Mpro SARS-CoV-2 menggunakan pendekatan in silico. Identifikasi senyawa dilakukan melalui database KNApSAcK, kemudian dilanjutkan dengan skrining drug-likeness menggunakan SwissADME, prediksi toksisitas menggunakan ProTox-II, dan molecular docking menggunakan PyRx terhadap protein Mpro (PDB ID: 6Y2F). Hasil penelitian menunjukkan enam senyawa bioaktif, yaitu eugenol, geraniol, citronellol, cineol, isoeugenol, dan β-pinene, umumnya memenuhi kriteria Lipinski's Rule of Five serta memiliki profil toksisitas yang masih dapat diterima. Analisis Molecular Docking menunjukkan bahwa seluruh senyawa mampu berinteraksi dengan protein target, dengan isoeugenol menghasilkan nilai Binding Affinity terbaik sebesar −5,5 kcal/mol. Visualisasi interaksi molekuler menunjukkan bahwa isoeugenol berikatan dengan residu GLN A:103, THR A:104, dan PHE A:279. Meskipun demikian, kemampuan pengikatannya masih berada di bawah Nirmatrelvir sebagai obat kontrol. Dengan demikian, isoeugenol merupakan senyawa bioaktif jahe yang paling prospektif untuk dikembangkan sebagai kandidat pengikat protein Mpro SARS-CoV-2 melalui penelitian lanjutan.
References
Ariani, Y., Muhiardi, I., & Shabihah, F. (2023). In Silico Analysis of Single Nucleotide Polymorphisms Related to Susceptibility and Severity in COVID-19 Patients. EJournal Kedokteran Indonesia, 11(3), 271. https://doi.org/10.23886/ejki.11.508.271
Aryanti, I. F. K., & Susilo, J. (2022). Aktivitas Quercetin sebagai Penghambat Sar-Cov2 Kajian Molekular Docking pada 3CLpro, PLpro, DAN NSP3. Indonesian Journal of Pharmacy and Natural Product, 5(2), 97–107. https://doi.org/10.35473/ijpnp.v5i2.1789
Bare, Y., Timba, F. N. S., Sari, D. R. T., Mago, O. Y. T., & Nurak, M. M. D. (2022). Kajian in silico Penghambatan Spesifik 3C-like Protease SARS-CoV-2 Senyawa Quinic Acid, Gluconic Acid, dan Ferulic Acid pada Kulit Kopi. Jurnal Ilmiah Medicamento, 8(2), 93–98. https://doi.org/10.36733/medicamento.v8i2.3971
Daina, A., Michielin, O., & Zoete, V. (2017). Swissadme: A Free Web Tool To Evaluate Pharmacokinetics, Drug- Likeness And Medicinal Chemistry Friendliness Of Small Molecules. Scientific Reports, 7(October 2016), 1–13. https://doi.org/10.1038/srep42717
Fakih, T. M. (2021). Natural Compounds Activities against SARS-CoV-2 Mpro through Bioinformatics Approaches for Development of Antivirus Candidates. Jurnal Kimia Sains Dan Aplikasi, 24(5), 170–176. https://doi.org/10.14710/jksa.24.5.170-176
Ferreira, L. G., Dos Santos, R. N., Oliva, G., & Andricopulo, A. D. (2015). Molecular docking and structure-based drug design strategies. In Molecules (Vol. 20, Issue 7). https://doi.org/10.3390/molecules200713384
Hidayat, S., Cahyohartoto, A., Dewi, A. U., Mukminah, I. Al, & Sigalingging, O. S. (2021). Uji Aktivitas Senyawa Bahan Alam terhadap Enzim Mpro pada SARS-CoV-2 Secara In Silico. Jurnal Farmasi Dan Ilmu Kefarmasian Indonesia, 8(3), 235. https://doi.org/10.20473/jfiki.v8i32021.235-241
Karim, B. K., Tsamarah, D. F., Zahira, A., Rosandi, N. F., Swarga, K. F., Aulifa, D. L., Elaine, A. A., & Sitinjak, B. D. P. (2023). Indonesian Journal of Biological Pharmacy In-Silico Study of Active Compounds in Guava Leaves (Psidium guajava L.) as Candidates for Breast Anticancer Drugs. Indonesian Journal of Biological Pharmacy, 3(3), 194–209. https://jurnal.unpad.ac.id/ijbp/article/view/52060
Khaerunnisa, S., Kurniawan, H., Awaluddin, R., & Suhartati, S. (2020). Potential Inhibitor of COVID-19 Main Protease ( M pro ) from Several Medicinal Plant Compounds by Molecular Docking Study. Preprints, March, 1–14. https://doi.org/10.20944/preprints202003.0226.v1
Manalu, R. T., Safitri, H., Sari, H. P., Devina, R., Irnawati, I., & Liliwana, E. A. (2021). Analisis In-Silico Penghambatan Main Protease (Mpro) Pada Sars-Cov-2 Oleh Senyawa Aktif Teh Hijau (Camelia Sinensis). Jurnal Farmagazine, 8(2), 1. https://doi.org/10.47653/farm.v8i2.548
Mao, Q. Q., Xu, X. Y., Cao, S. Y., Gan, R. Y., Corke, H., Beta, T., & Li, H. Bin. (2019). Bioactive Compounds And Bioactivities Of Ginger (Zingiber Officinale Roscoe). Foods, 8(6), 1–21. https://doi.org/10.3390/foods8060185
Marchese, A., Barbieri, R., Cappo, E., Orhan, ilkay erdogan, Daglia, M., Nabavi, seyed fazel, Izadi, M., Abdollahi, M., Nabavi, seyed mohammad, & Ajami, M. (2017). Antimicrobial Activity Of Eugenol And Essential Oils Containing Eugenol: A Mechanistic Viewpoint. Taylor&francis.
Salehi, B., Upadhyay, S., Orhan, I. E., Jugran, A. K., Jayaweera, S. L. D., Dias, D. A., Sharopov, F., Taheri, Y., Martins, N., Baghalpour, N., Cho, W. C., & Sharifi-Rad, J. (2019). Therapeutic potential of α-and β-pinene: A miracle gift of nature. Biomolecules, 9(11), 1–37. https://doi.org/10.3390/biom9110738
Syahputra, G., Gustini, N., Bustanussalam, B., Hapsari, Y., Sari, M., Ardiansyah, A., Bayu, A., & Putra, M. Y. (2021). Molecular docking of secondary metabolites from Indonesian marine and terrestrial organisms targeting SARS-CoV-2 ACE-2, Mpro, and PLpro receptors. Pharmacia, 68(3), 533–560. https://doi.org/10.3897/pharmacia.68.e68432