Trigonometri : Journal Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Articles

Vol. 8 No. 3 (2026): Trigonometri : Journal Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, ISSN 3030-8496

EKSPLORASI KOMUNITAS BAKTERI TANAH PADA DAERAH TERCEMAR BESI DI KAWASAN TAMAN, SIDOARJO

DOI:
https://doi.cibangsa.org/DOI-2026-35
Submitted
July 14, 2026
Published
2026-07-14

Abstract

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan teknik amplifikasi DNA secara in vitro yang banyak digunakan dalam analisis molekuler, termasuk untuk mengidentifikasi komunitas mikroorganisme pada sampel lingkungan. Penelitian ini bertujuan mengisolasi DNA total dari tanah tercemar besi di kawasan Taman, Sidoarjo, serta mengamplifikasi gen 16S rRNA menggunakan primer universal 27F dan 1492R sebagai tahap awal eksplorasi komunitas bakteri. Sampel tanah diambil dari tiga titik pada area tercemar besi di halaman pabrik besi PT Ispatindo, kemudian DNA diisolasi menggunakan ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit, diamplifikasi dengan PCR, dan divisualisasikan melalui elektroforesis gel agarosa 2%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA total berhasil diisolasi dari seluruh sampel, sedangkan amplifikasi gen 16S rRNA menghasilkan pita DNA yang masih tipis sehingga menunjukkan bahwa proses amplifikasi belum berlangsung secara optimal. Rendahnya intensitas pita diduga dipengaruhi oleh kemurnian DNA template, keberadaan senyawa penghambat (PCR inhibitors), maupun kondisi PCR yang masih memerlukan optimasi. Penelitian ini menunjukkan bahwa isolasi DNA dan amplifikasi gen 16S rRNA dari tanah tercemar besi berhasil dilakukan sebagai langkah awal eksplorasi komunitas bakteri. Namun, identifikasi taksonomi dan analisis keanekaragaman bakteri memerlukan penelitian lanjutan melalui sekuensing gen 16S rRNA.

References

  1. Ballo, A., & Nge, S. T. (2020). Analisis keragaman genetik pada tanaman kelor (Moringa oleifera) berdasarkan penanda molekuler Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Biotropikal Sains, 17(1), 35–44.
  2. Bruins, M. R., Kapil, S., & Oehme, F. W. (2000). Microbial resistance to metals in the environment. Ecotoxicology and Environmental Safety, 45(3), 198–207.
  3. Gadd, G. M. (2010). Metals, minerals and microbes: Geomicrobiology and bioremediation. Microbiology, 156(3), 609–643. https://doi.org/10.1099/mic.0.037143-0
  4. Green, M. R., & Sambrook, J. (2019). Agarose Gel Electrophoresis. Cold Spring Harbor Protocols, 2019(1), pdb. Prot 100388. https://doi.org/10.1101/pdb.prot100388
  5. Heuer, H., Krsek, M., Baker, P., Smalla, K., & Wellington, E. M. (1997). Analysis of actinomycete communities by specific amplification of genes encoding 16S rRNA and gel electrophoretic separation in denaturing gradients. Applied and Environmental Microbiology, 63(8), 3233–3241.
  6. Janda, J. M., & Abbott, S. L. (2007). 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory. Journal of Clinical Microbiology, 45(9), 2761–2764. https://doi.org/10.1128/JCM.01228-07
  7. Johnson, J. S., Spakowicz, D. J., Hong, B. Y., Petersen, L. M., Demkowicz, P., Chen, L., Leopold, S. R., Hanson, B. M., Agresta, H. O., Gerstein, M., Sodergren, E., & Weinstock, G. M. (2019). Evaluation of 16S rRNA gene sequencing for species and strain-level microbiome analysis. Nature Communications, 10, 5029. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13036-1
  8. Khasanah, U., Mindari, W., & Suryaminarsih, P. (2021). Kajian pencemaran logam berat pada lahan sawah. Jurnal Teknik Kimia, 15(2), 76–83.
  9. Kheyrodin, H., & Ghazvinian, K. (2015). Isolasi DNA tanah untuk digunakan dalam reaksi berantai polimerase (PCR) amplifikasi. Jurnal Pertanian Afrika, 7(2), 1158–1163.
  10. Lane, D. J. (1991). 16S/23S rRNA sequencing. In Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics (pp. 115–175).
  11. Mautuka, Z. A., Maifa, A., & Karbeka, M. (2022). Pemanfaatan biochar tongkol jagung guna perbaikan sifat kimia tanah lahan kering. Jurnal Ilmiah Wahana Pendidikan, 8(4), 201–210.
  12. Mullis, K. B., & Faloona, F. A. (1987). Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods in Enzymology, 155, 335–350.
  13. Nugroho, K., Satyawan, D., Tasma, I. M., & Lestari, P. (2021). Ekstraksi DNA genomik: Tahap kritis dalam analisis molekuler tanaman. Jurnal AgroBiogen, 17(1), 34–45.
  14. Rasyid, R. A., Cools, N. A., & Mardiah. (2021). Studi remediasi tanah tercemar oleh aktivitas industri. Jurnal Chemurgy, 5(1), 1–7.
  15. Sasmito, D. E., Kurniawan, R., & Muhimmah, I. (2014). Karakteristik primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk sekuensing DNA: Mini review. Prosiding Seminar Nasional Informatika Medis (SNIMed), 93–98.
  16. Schrader, C., Schielke, A., Ellerbroek, L., & Johne, R. (2012). PCR inhibitors – occurrence, properties and removal. Journal of Applied Microbiology, 113(5), 1014–1026. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05384.
  17. Silver, S. (1996). Bacterial resistances to toxic metal ions: A review. Gene, 179(1), 9–19.
  18. Steffan, R. J., Goksøyr, J., Bej, A. K., & Atlas, R. M. (1988). Recovery of DNA from soils and sediments. Applied and Environmental Microbiology, 54(12), 2908–2915. https://doi.org/10.1128/AEM.54.12.2908-2915.1988
  19. Wang, L., Li, Y., Wang, S., Ye, J., & Liu, X. (2020). Microbial remediation of heavy metal contaminated soils: A review. Environmental Research, 186, 109542.
  20. Zymo Research. (2022). ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit Instruction Manual. Zymo Research Corporation.

Downloads

Download data is not yet available.