Trigonometri : Journal Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Articles

Vol. 8 No. 3 (2026): Trigonometri : Journal Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, ISSN 3030-8496

DNA BARCODE DAN HAPLOTYPE NETWORK IKAN GUPPY (POECILIA RETICULATA) BERDASARKAN GEN COI

DOI:
https://doi.cibangsa.org/DOI-2026-36
Submitted
July 14, 2026
Published
2026-07-14

Abstract

Ikan guppy (Poecilia reticulata) merupakan spesies ikan air tawar anggota famili Poecilidae yang berasal dari kawasan Amerika Selatan bagian timur laut dan kini telah menyebar luas ke berbagai benua, termasuk Asia. Di Indonesia, ikan guppy dijumpai hampir di seluruh badan air tawar, mulai dari sungai, saluran irigasi, hingga genangan air yang tercemar sekalipun. Kesenjangan data antara penelitian Ikan guppy (Poecilia reticulata) dibanding dengan luas persebarannya menjadi persoalan tersendiri dalam upaya dokumentasi keanekaragaman hayati ikan air tawar Indonesia secara komprehensif. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis jarak genetik, hubungan filogenetik, dan struktur haplotype ikan guppy (Poecilia reticulata) berdasarkan sekuen gen cytochrome oxidase subunit I (COI) menggunakan pendekatan DNA barcoding. Data sekuen diperoleh dari GenBank NCBI dengan nomor akses KU692776.1 (Sukabumi, Indonesia), KU692774.1 (Banten, Indonesia), JX968694.1 (Republik Dominika), LC190039.1 (Myanmar), dan KU568970.1 (Afrika). Penyelarasan sekuen dilakukan menggunakan ClustalX 2.1, rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) dengan model Kimura 2-parameter pada perangkat lunak MEGA 6.0 (bootstrap 1000x), serta analisis haplotype network menggunakan median-joining network pada program Network 10.1.0.0. Hasil analisis jarak genetik menunjukkan bahwa nilai jarak genetik antar populasi berkisar antara 0,000 hingga 0,049. Nilai jarak genetik 0,000 ditemukan di antara pasangan populasi dari Indonesia, Myanmar, dan Republik Dominika, sedangkan nilai tertinggi yaitu 0,049 diperoleh pada perbandingan antara populasi Afrika dengan keempat populasi lainnya. Rekonstruksi pohon filogenetik membentuk dua kelompok utama, yaitu kelompok yang mencakup populasi Indonesia, Myanmar, dan Republik Dominika, serta kelompok terpisah yang beranggotakan populasi Afrika. Analisis haplotype network mengidentifikasi empat haplogroup dengan total lima haplotype, di mana populasi Sukabumi dan Banten dari Indonesia bergabung dalam satu haplogroup yang menunjukkan kekerabatan sangat dekat. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa faktor lingkungan dan sejarah distribusi geografis berperan penting dalam pembentukan variasi genetik P. reticulata di tingkat populasi. Data ini diharapkan dapat menjadi rujukan dasar bagi penelitian lanjutan mengenai biologi populasi dan konservasi ikan guppy di Indonesia.

References

  1. Aprilyanto, V., & Sembiring, L. (2016). Filogenetik molekuler. Yogyakarta: Innosain.
  2. Araújo, F. G., Peixoto, M. G., Pinto, B. C. T., & Teixeira, T. P. (2009). Distribution of guppies Poecilia reticulata (Peters, 1860) and Phalloceros caudimaculatus (Hensel, 1868) along a polluted stretch of the Paraíba do Sul River, Brazil. Brazilian Journal of Biology, 69, 41-48.
  3. Bingpeng, X., Heshan, L., Zhilan, Z., Chunguang, W., Yanguo, W., & Jianjun, W. (2018). DNA barcoding for identification of fish species in the Taiwan Strait. PloS one, 13(6), e0198109.
  4. Dahruddin, H., Hutama, A., Busson, F., Sauri, S., Hanner, R., Keith, P., ... & Hubert, N. (2017). Revisiting the ichthyodiversity of Java and Bali through DNA barcodes: taxonomic coverage, identification accuracy, cryptic diversity and identification of exotic species. Molecular ecology resources, 17(2), 288-299.
  5. Deacon, A. E., Ramnarine, I. W., & Magurran, A. E. (2011). How reproductive ecology contributes to the spread of a globally invasive fish. PloS one, 6(9), e24416.
  6. Froese, R. & Pauly, D. (2018). Fishbase. World. Wide Web electronic publication. www.fishbase.org. Accessed on 28 December 2018.
  7. Haq, I. A., Nirmala, K., Hastuti, Y. P., & Supriyono, E. (2022). Color quality, behavioral response, and blood glucose levels of guppies Poecilia reticulata (Peters, 1859) with the addition of Indian almond leaves (Terminalia catappa) in fish containers. Jurnal Iktiologi Indonesia, 22(1), 49-64.
  8. Hariyanto, S., Adro’i, H., Ali, M., & Irawan, B. (2019). DNA Barcoding: A Study of Guppy Fish (Poecilia reticulata) in East Java, Indonesia. Biosaintifika, 11(2), 272-278.
  9. Hubert, N., Kadarusman, P. D., Wibowo, A., Busson, F., Caruso, D., Sulandari, S., ... & Hadiaty, R. (2015). DNA Barcoding Indonesian freshwater fishes: challenges and prospects. Dna Barcodes, 3(1), 144-169.
  10. Indi Dharmayanti, N. LP. (2011). Filogenetika mole kuler: metode taksonomi organisme berdasar kan sejarah evolusi”. Wartazoa, 21(1), 1-10.
  11. Kmiec, B., Woloszynska, M., & Janska, H. (2006). Heteroplasmy as a common state of mitochondrial genetic information in plants and animals. Current genetics, 50, 149-159.
  12. Kolbe, J. J., Glor, R. E., Rodríguez Schettino, L., Lara, A. C., Larson, A., & Losos, J. B. (2004). Genetic variation increases during biological invasion by a Cuban lizard. Nature, 431(7005), 177-181.
  13. Loewe, L., & Hill, W. G. (2010). The population genetics of mutations: good, bad and indifferent. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 365(1544), 1153-1167.
  14. Nurlina, Z., & Zulfikar, Z. (2016). Immersion time effect of guppy brood fish (Poecilia reticulate) in honey of onto male sex ratio (sex reversal) guppy fish. Acta Aquatica, 3(2), 75-80.
  15. Oktafia, R. E., & Badruzsaufari, B. (2021). Analisis Filogenetik Garcinia Spp. Berdasarkan Sekuens Gen Rrna. Ziraa'ah Majalah Ilmiah Pertanian, 46(2), 259-264.
  16. Perry, W. L., Feder, J. L., Dwyer, G., & Lodge, D. M. (2001). Hybrid zone dynamics and species replacement between Orconectes crayfishes in a northern Wisconsin lake. Evolution, 55(6), 1153-1166.
  17. Rahayu, D. A., Nugroho, E. D., & Listyorini, D. (2019). DNA barcoding ikan introduksi khas Telaga Sari, Kabupaten Pasuruan. Biotropika: Journal of Tropical Biology, 7(2), 51-62.
  18. Saleeza, S. N., Norma-Rashid, Y. & Sofian-Azirun, M. (2014). Guppies as predators of common mosquito larvae in Malaysia. Southeast Asian J. Trop. Med. Public Health, 45(2), 299-308,.
  19. Sarikaya, M., Selvi, M., Kocak, O., & Erkoc, F. (2017). Investigation of acute toxicity of fenitrothion on guppies Poecilia reticulate. Journal of Ap plied Toxicology, 27(4), 318-321. doi:10.1002/ jat.1193
  20. SURYANINGSIH, S., SUKMANINGRUM, S., SIMANJUNTAK, S. B. I., & Kusbiyanto, K. (2018). Diversity and longitudinal distribution of freshwater fish in Klawing River, Central Java, Indonesia. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 19(1), 85-92.
  21. Tarallo, A., Angelini, C., Sanges, R., Yagi, M., Agnisola, C., & D’Onofrio, G. (2016). On the genome base composition of teleosts: the effect of environment and lifestyle. BMC genomics, 17, 1-10.
  22. Tsoupas, A., Papavasileiou, S., Minoudi, S., Gkagkavouzis, K., Petriki, O., Bobori, D., ... & Triantafyllidis, A. (2022). DNA barcoding identification of Greek freshwater fishes. PloS one, 17(1), e0263118.
  23. Zipcodezoo. 2015. Poecilia reticulata (https: //zipcodezoo.com/index.php/Poecilia_reticulata). Diakses November 2015

Downloads

Download data is not yet available.